最基本的MS-DOS系统，由一个基于 主引导记录 （硬盘 才有MBR， 软盘 没有MBR， 启动扇区 位于第0轨的扇区中，内容上与硬盘的MBR略有不同）的BOOT引导程序和三个文件模块组成。 这三个模块是：输入输出模块（IO.SYS （英语：IO.SYS））、文件管理模块（MSDOS.SYS）及命令解释模块（COMMAND.COM），不过在MS-DOS 7.0中，MSDOS.SYS被改为启动配置文件，而IO.SYS增加了MSDOS.SYS的功能。 除此之外， 微软 还在零售的MS-DOS系统包中加入了若干标准的外部程序（即 外部命令），这才与 内部命令 （即由COMMAND.COM解释执行的命令）一同构建起一个在磁盘操作时代相对完备的人机交互环境。